王喜军教授长期从事中医药理论基础研究及中药创新药物研究，尤其在中药有效性评价及药效物质基础研究方面取得了突出成绩。上世纪90年代初，王喜军教授创建了中药血清药物化学理论，为分析中药体内药效成分提供了新途径；进入21世纪，将该理论与代谢组学整合，形成了以证候为切入点，以方剂为研究对象，阐释中药有效性的理论及方法——中医方证代谢组学，即利用代谢组学技术鉴定中医证候生物标记物；利用中药血清药物化学方法分析有效状态下方剂体内成分的显效形式；将血清中方剂成分与证候生物标记物相关联，提取与证候标记物轨迹变化高度关联的药物成分，发现并确定药效物质基础，解决有效性及其相关科学问题。中医方证代谢组学从2004年开始经历了理念的形成、方法建立及理论完善阶段。2015年出版了国际上第一部中医药代谢组学研究专著《Chinmedomics》。利用中医方证代谢组学方法，揭示了临床常见中医证候的生物标记物及其相关方剂的有效性，推动了证候的精准诊断及临床治疗经验的挖掘，为中医理论及临床实践的科学价值的认知提供了科学依据。基于中医方证代谢组学评价有毒中药的毒性机制、毒性成分及建立配伍解毒的技术和方法。提出并建立了中药血清药物化学理论与研究方法，为解决中药有效性、安全性等物质基础问题提供了共性关键技术。王喜军教授发表论文300余篇，SCI源论文150余篇（H指数42）；以第一完成人获国家科技进步二等奖及国家技术发明二等奖各1项，省部级科学技术奖一等奖6项，获国际、国家发明专利22项。    

据悉，吴阶平医学奖是由吴阶平医学基金会设立的，经卫生部、科技部批准的我国医药卫生领域的专门奖项，是中国医学界最高规格的个人奖项，主要用于奖励在医学临床、科研、教育、公共卫生和卫生事业管理等工作中做出突出贡献、取得显著成果的个人。吴阶平医学奖以吴阶平院士的名字命名，旨在弘扬吴阶平院士等老一辈医务工作者的高尚医德医风，提高广大医务工作者科技创新能力和临床医疗服务水平。该奖自2007年设立以来，每年颁发一次。截至2016年，共评选出14位吴阶平医学奖获奖者，18位吴阶平医药创新奖获奖者。